刘秀这才命令安葬马援。前任云阳令朱勃也上书为马援鸣不平，但刘秀没有同意为马援平反，继续将此事压着，哪怕是马援还替他在称帝的第四年便劝降了不时怀有二心的陇右割据军阀隗嚣，对刘秀崛起初期助力颇多，

可是帝王就是这样，升米恩斗米仇的，根本不会在乎这些，即便是不计较谗言中那一车连存不存在都不知道的珍珠文犀，这在刘秀称帝之初被马援劝来归附、又反复无常、想脚踏两条船的隗嚣之事上便埋下了不满厌恶的隐患，

但那时又处在下四分五裂、军阀势力割据众多的时局下，平定叛乱便需要像马援这样的人，因此对马援的不满便可以往后放一放的，待到四海平定之时再找个合适的时机再授意朝中的官员发难便可，

在王莽代汉称帝之后的新朝末年，下大乱，王莽的堂弟王林任卫将军，广招下豪杰，选拔马援为掾，并把他推荐给王莽，王莽于是任命马援为新城大尹。

更始二年，新朝灭亡，马援和哥哥增山连率马员一起离开了各自的任所，逃至凉州避难。

建武元年，光武帝刘秀建立东汉王朝后，马员到洛阳投奔刘秀。马援则羁留在西州，受到陇右割据势力隗嚣的器重，被任命为绥德将军，参与隗嚣的决策定计。

同年，公孙述在蜀地称帝，隗嚣派马援去探听虚实。马援跟公孙述本是老乡，而且交情很好，马援本以为这次见面定会握手言欢，没想到公孙述却摆起皇帝的架子。

公孙述先陈列卫士，然后才请马援进见，待刚见过礼，又马上让马援出宫，住进宾馆；接着命人给马援制作都布单衣、交让冠。

然后才在宗庙中聚集百官，设宴招待他。席间，公孙述表示要封马援为侯爵，并授予他大将军的官位。

马援的随从宾客以为受到了礼遇，都愿意留下来，马援则认为公孙述只是是装腔作势，不能久留下士，于是毅然返回陇右，并对隗嚣道：“公孙述井底之蛙，妄自尊大，您不如专意经营东方。”

建武四年，马援携带隗嚣的书信到洛阳，在宣德殿面见刘秀。刘秀道：“你周旋于二帝之间，现在见到你，使人大感惭愧。”

马援道：“当今世道，不只君主选择臣子，臣子也选择君主。臣如今远来，陛下怎么知道我不是刺客奸人？”

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