孙恩被打得几次退回舟山群岛，但是由于信徒多，每次都有数十万人追随，所以怎么都打不垮。

孙恩三次退回海岛以躲避北府军的锋芒，但是第四次带领大军回归江东，却被政府军打得大败，孙恩心力交瘁之下，选择了跳水自尽。

孙恩去世后，余部在其妹夫卢循的带领下，继续周旋在海岛之外，趁着东晋先后有桓玄之乱，后有刘裕灭桓玄，无暇顾及卢循，卢循辗转到了广东，夺取了番禺，

后来趁着刘裕北上灭南燕，卢循带领起义军北上，攻破湖南等地，一直打到了建康周边，迫使刚刚灭了南燕的刘裕匆忙回师，

卢循的军队比不上刘裕的精锐，很快就失败了，卢循赴水而死，坚持了十二年的孙恩卢循之乱被平定。

但是卢循打乱了刘裕北上的步伐，也是刘裕没能统一下的重要因素。

北魏时期以宗教为旗帜的规模最大的人民起义被称法庆起义。

北魏佛教盛行，而僧人内部政治﹑经济地位相差悬殊。孝文帝即位后，佛教内部的派系斗争日益明显地表现为社会阶级的斗争。最高统治者有时支持某些僧侣讲道法，又严禁另一些僧侣聚徒传教。

部分僧侣颂扬明君有道的同时，另一些僧侣却公然毁寺烧经，举兵造反。

延兴三年沙门慧隐反。太和五年沙门法秀于京都平城举事，参加者有官僚大族，更多的是平民和奴隶。

十四年，沙门司马惠御自称圣王，起兵攻克平原郡。

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